Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm có cơ cấu như sau:

• Bộ trưởng
• Thứ trưởng thứ nhất
• Các Thứ trưởng

• Văn phòng Bộ
• Vụ Kế hoạch
• Vụ Tài chính kế toán
• Vụ Xây dựng cơ bản
• Vụ Tổ chức cán bộ
• Vụ Lao động tiền lương
• Vụ Sản xuất
• Vụ Lương thực
• Vụ Khoa học kỹ thuật
• Vụ Hợp tác quốc tế
• Ban Quản lý và cải tạo nông nghiệp - công nghiệp thực phẩm
• Ban Thanh tra

Ngoài ra Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm còn quản lý:

• 26 viện, Trung tâm nghiên cứu khoa học trực thuộc Bộ.
• 13 trường quản lý, kỹ thuật và công nhân.
• 53 đơn vị sản xuất kinh doanh trực thuộc Bộ cấp Công ty, Tổng công ty, Liên hiệp các xí nghiệp, Xí nghiệp liên hợp (quản lý trên 400 đơn vị kinh tế cơ sở)
• 9 nhà máy, xí nghiệp trực thuộc Bộ.